Funktionen af isolatorer er retningsbestemt, som opdaget i frugtflueforsøg. Gypsy blev indsat i det gule locus y af Drosophila melanogaster, hvilket resulterede i inaktivering af y-genet i nogle væv, men y-genet var stadig aktivt i nogle væv, fordi der var en isolatorsekvens i den ene ende af sigøjneren. sigøjner vil have forskellige effekter på genaktivitet, når sigøjner indsættes på forskellige steder i y-locuset. Dette skyldes, at aktiviteten af y-genet reguleres af fire forstærkere. Når isolatoren indsættes lige opstrøms for promotoren, blokerer den aktiveringen af gener i vingebladet og kropskutikulavævet (fra opstrømsforstærkeren). Men blokerede ikke ekspressionen af y-genet (fra downstream-enhanceren) i børstehårene og farsale kløer.
Da nogle forstærkere er opstrøms og nogle nedstrøms for promotoren, afhænger effekten af isolatoren ikke af isolatorens position i forhold til promotoren. Derfor er årsagen til den retningsgivende af isolatoreffekten ikke rigtig forstået. To loci har vist sig at påvirke isolatorfunktionen på en transaktiverende måde. Nukleoproteinet kodet af S2J(Hw)-genet genkender isolatoren, og først efter at isolatoren binder sig til den, har den en isolerende effekt. Når dette gen er muteret, går isoleringseffekten tabt på trods af indsættelsen af en isolator i y-locuset, og y udtrykkes i alle væv. Et andet sted er mod(mdg 4). Efter mutation af dette gen er dets virkning lige modsat Su(Hw), det vil sige, at disse mutanter forstærker isoleringseffekten, hvilket gør isolatorens isoleringseffekt ikke længere retningsbestemt og udvidet, dvs. blokerer effekten af forstærkere på begge opstrøms og nedstrøms sider.
